Le père Baraga établit sa première mission à Grand Rapids en 1833, avant le traité de 1836. C'est là qu'il dut affronter les plus grandes difficultés, notamment les trappeurs et les baptistes. Ce fut également la seule fois où il se sentit menacé par le peuple Ojibwé. En état d'ivresse, des Ojibwés et d'autres personnes s'étaient rassemblés devant son lieu de séjour. C'est alors qu'il implora Dieu de lui épargner la vie et déclara que, si cela arrivait, il s'abstiendrait à jamais de boire (alors qu'il ne consommait de l'alcool qu'occasionnellement auparavant). Finalement, sa vie fut épargnée et il fit de la lutte contre l'alcoolisme chez les Ojibwés une priorité de sa mission. Il considérait même que l'alcool devait être interdit dans les lieux où il travaillait. De cette initiative naquirent les cartes de tempérance, un vœu que chaque Ojibwé prenait de ne plus jamais boire.

Finalement, l'évêque dut le muter ailleurs en raison de sa position intransigeante visant à garantir que les Indiens restent sur leurs terres. Quelques années seulement après son départ, les Potawatomis furent tous contraints de quitter les lieux et de se réfugier dans un autre État, forcés de convois de chariots et enchaînés. Cet événement est connu sous le nom de « Piste des Larmes des Potawatomis ».